Arrêt Maladie et Bulletin de Paie en 2026 — Guide Complet
L'arrêt maladie est l'un des événements les plus fréquents en gestion de paie. Il entraîne des modifications significatives sur le bulletin : retenue d'absence, indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS), maintien de salaire par l'employeur et éventuelle subrogation. Comprendre ces mécanismes est essentiel pour vérifier l'exactitude de sa fiche de paie.
Ce guide détaille le fonctionnement complet de l'arrêt maladie sur le bulletin de paie en 2026 : calcul des IJSS, règles de maintien de salaire, subrogation, jours de carence et exemples chiffrés calculés automatiquement à partir des barèmes officiels.
Comment l'arrêt maladie impacte le bulletin de paie
Lorsqu'un salarié est en arrêt maladie, son bulletin de paie est modifié à plusieurs niveaux. Voici les principales conséquences visibles sur la fiche de paie.
Retenue pour absence maladie
Le salaire brut est diminué proportionnellement aux jours d'absence. La méthode de calcul la plus courante est la méthode du taux horaire réel (salaire mensuel / nombre de jours ouvrables du mois × jours d'absence). Certaines conventions collectives imposent la méthode des jours calendaires (salaire / 30 × jours d'absence).
Complément employeur (maintien de salaire)
Si le salarié remplit les conditions d'ancienneté, l'employeur verse un complément de salaire qui apparaît sur le bulletin. Ce montant est soumis aux cotisations sociales comme le salaire brut ordinaire.
IJSS (sur le bulletin ou hors bulletin)
Les IJSS peuvent apparaître sur le bulletin en cas de subrogation (l'employeur perçoit les IJSS et les reverse au salarié). Sans subrogation, les IJSS sont versées directement par la CPAM au salarié et n'apparaissent pas sur le bulletin, mais une ligne indicative peut les mentionner.
L'arrêt maladie impacte également les cotisations sociales : celles-ci sont recalculées sur le salaire brut effectivement versé (réduit par l'absence). Les IJSS versées par la Sécurité sociale ne sont pas soumises aux cotisations sociales classiques mais sont assujetties à la CSG/CRDS à un taux réduit (6,20 % au lieu de 9,20 %).
Les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS)
Les IJSS sont versées par la CPAM (Caisse Primaire d'Assurance Maladie) pour compenser partiellement la perte de revenus du salarié en arrêt maladie. Voici les règles de calcul en 2026.
Formule de calcul des IJSS
Salaire journalier de base = Somme des 3 derniers salaires bruts / 91,25
IJSS journalière = Salaire journalier de base × 50 %
Plafond IJSS = 1,8 × SMIC mensuel / 30
Conditions d'ouverture des droits
- Arrêt < 6 mois : avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois précédant l'arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire ≥ 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 mois précédents.
- Arrêt > 6 mois : être affilié depuis au moins 12 mois et avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 mois précédant l'arrêt.
| Paramètre | Valeur 2026 |
|---|---|
| Taux d'indemnisation | 50 % du salaire journalier |
| Plafond mensuel de référence | 3 281,45 € |
| IJSS journalière pour 2 500,00 € brut | 41,67 € |
| Délai de carence Sécurité sociale | 3 jours |
| Durée maximale | 360 jours sur 3 ans |
Les IJSS sont soumises à la CSG (6,20 %) et à la CRDS (0,50 %) soit un prélèvement total de 6,70 %. Elles sont également imposables à l'impôt sur le revenu.
Le maintien de salaire employeur
En plus des IJSS, l'employeur est tenu de verser un complément de salaire au salarié en arrêt maladie, sous certaines conditions. Ce mécanisme est prévu par la loi de mensualisation (articles L. 1226-1 et D. 1226-1 du Code du travail).
Conditions du maintien légal
- 1 an d'ancienneté minimum dans l'entreprise.
- Avoir transmis le certificat médical dans les 48 heures.
- Être pris en charge par la Sécurité sociale (droits ouverts aux IJSS).
- Être soigné en France ou dans un État de l'EEE.
| Ancienneté | Période à 90 % | Période à 66,66 % |
|---|---|---|
| 1 à 5 ans | 30 jours | 30 jours |
| 6 à 10 ans | 40 jours | 40 jours |
| 11 à 15 ans | 50 jours | 50 jours |
| 16 à 20 ans | 60 jours | 60 jours |
| 21 à 25 ans | 70 jours | 70 jours |
| 26 à 30 ans | 80 jours | 80 jours |
| ≥ 31 ans | 90 jours | 90 jours |
Le maintien de salaire se calcule déduction faite des IJSS. Autrement dit, l'employeur complète ce que la Sécurité sociale ne couvre pas, pour atteindre 90 % puis 66,66 % du salaire brut. Un délai de carence de 7 jours s'applique au maintien employeur (sauf disposition conventionnelle plus favorable).
Attention : la convention collective peut prévoir des conditions plus avantageuses (pas de condition d'ancienneté, maintien à 100 %, durée plus longue). Il est essentiel de vérifier la convention applicable à votre entreprise.
Subrogation : quand l'employeur avance les IJSS
La subrogation est un mécanisme par lequel l'employeur perçoit directement les IJSS de la CPAM à la place du salarié. En échange, le salarié reçoit son salaire maintenu intégralement via le bulletin de paie, sans avoir à attendre le versement de la Sécurité sociale.
Sans subrogation
- Le salarié reçoit les IJSS directement de la CPAM
- L'employeur verse le complément uniquement
- Deux flux de paiement distincts pour le salarié
Avec subrogation
- L'employeur verse la totalité du salaire maintenu
- L'employeur perçoit les IJSS de la CPAM
- Un seul flux de paiement, plus simple pour le salarié
La subrogation est obligatoire lorsque le salaire maintenu par l'employeur (y compris pendant la période à 90 % ou 66,66 %) est égal ou supérieur au montant des IJSS. En pratique, c'est presque toujours le cas.
Impact sur le bulletin avec subrogation
Ligne « Absence maladie » : retenue du salaire brut proportionnelle à la durée de l'arrêt.
Ligne « Maintien employeur » : complément versé par l'employeur (soumis à cotisations).
Ligne « IJSS subrogées » : montant des IJSS perçues par l'employeur et réintégrées au net.
Exemple chiffré : bulletin pendant un arrêt maladie
Prenons l'exemple d'un salarié non-cadre avec un salaire brut habituel de 2 500,00 €, en arrêt maladie pendant 10 jours calendaires. Il a plus d'un an d'ancienneté et bénéficie du maintien de salaire légal avec subrogation.
Décomposition du bulletin
| Ligne du bulletin | Détail | Montant |
|---|---|---|
| Salaire de base (mois complet) | 151,67 h | 2 500,00 € |
| Retenue absence maladie | 10 jours | −1 153,70 € |
| Maintien employeur (90 %) | 7 jours indemnisés | +746,64 € |
| IJSS brutes subrogées | 41,67 €/j × 7 j | +291,69 € |
Résumé pour le salarié
Salaire brut habituel : 2 500,00 €
Net habituel (avant impôt) : 1 957,05 €
IJSS perçues (7 jours) : 291,69 €
Délai de carence SS : 3 jours (non indemnisés par la CPAM)
Grâce au maintien de salaire et à la subrogation, le salarié perçoit un bulletin unique avec un montant proche de sa rémunération habituelle. La différence réside dans la répartition : une partie provient de l'employeur (le complément), l'autre de la Sécurité sociale (les IJSS subrogées).
Jours de carence et franchise
Il existe deux types de délais de carence en cas d'arrêt maladie, qu'il ne faut pas confondre.
Carence Sécurité sociale
3 jours
Les IJSS ne sont versées qu'à partir du 4ème jour d'arrêt. Les 3 premiers jours ne sont pas indemnisés par la CPAM, sauf en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle.
Carence employeur
7 jours
Le maintien de salaire légal ne démarre qu'au 8ème jour d'arrêt. Certaines conventions collectives suppriment ce délai ou le réduisent.
Exceptions au délai de carence
- Accident du travail / maladie professionnelle : pas de délai de carence, IJSS dès le 1er jour, taux majoré à 60 % puis 80 %.
- Affection de longue durée (ALD) : la carence ne s'applique qu'au premier arrêt.
- Rechute dans les 48 h : pas de nouveau délai de carence si la reprise est suivie d'un nouvel arrêt pour le même motif.
En pratique, les jours de carence représentent une perte de revenu significative pour le salarié, surtout lors d'arrêts courts. De nombreuses conventions collectives prévoient la suppression du délai de carence employeur et parfois même la compensation des jours de carence Sécurité sociale. Vérifiez toujours votre convention collective.